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氣相色譜質譜聯用儀是一種精密設備，可用于測定多種成分，比如脂溶性揮發性成分、農殘等。一般由質譜同氣相色譜儀聯用，快速獲取復雜樣品中各組份的定性定量信息，提升分析效率，實現快速GC/MS分析。
那么，GC/MS分析技術有哪些優缺點呢？
優點：
一般應用可省略色譜檢測器：GC作為進樣系統，將待測樣品分離后直接導入質譜進行檢測，既滿足了質譜分析對樣品單一性的要求，又省去樣品制備、轉移的繁瑣過程，不僅避免了樣品受污染，對質譜進樣量還能有效控制，也減少了質譜儀的污染，極大地提高了對混合物分離、定性定量效率。
定性能力高：用色譜保留時間結合化合物的指紋質譜圖鑒定組分，大大優于僅靠色譜保留時間。GC-MS的定性指標有分子離子、功能團離子、離子峰強度比、同位素離子峰、離子反應的母子離子質量數以及總離子流色譜峰、選擇離子色譜峰和選擇反應色譜峰所對應的保留時間窗。
可分離尚未分離的色譜峰：用提取離子、選擇離子監測或選擇反應監測法，以及結合某些數據處理方法(如AMDIS)，可分離總離子流色譜圖上尚未分離或被化學噪聲掩蓋的色譜峰。
可提高定量分析精度：通過用同位素稀釋和內標技術可提高定量精度和定性能力。
提高儀器功能，實現分析自動化：計算機的多功能使儀器的結構更簡單，操作更方便，更易于實現分析工作的自動化。
不足：
分析對象有限制：分析對象限于在300℃左右及以下可以汽化、并且能離子化的樣品；在加熱過程中易分解的、極性太強的化合物，如有機酸類等，則需進行酯化衍生處理才可進行GC—MS分析，如果樣品不能汽化也不能酯化則需采取LC—MS或其他方法分析；
測試條件有限制：GC—MS分析樣品應是有機溶液，固體或水溶液中的有機物一般不能測定，需進行萃取分離變為有機溶液，或采用熱裂解、頂空進樣技術。
質譜應用有限制：目前質譜還有一個很重要的不足是對很多異構體(尤其是位置異構)無法分辨。
